Papež Pij XII. je v zadnjem času srž spora med Vatikanom in Judi. Vatikan se zavzema za njegovo beatifikacijo, medtem ko Judje temu nasprotujejo, saj po njihovem mnenju papež ni skušal preprečiti holokavsta. Zadnji se je na to temo oglasil predsednik italijanske poslanske zbornice Gianfranco Fini (predsednik postfašistične stranke), ki je rimskokatoliško cerkev obtožil, da je premalo odločno nastopila proti fašističnim rasnim zakonom.
Nekaj zelo konkretnih odgovorov o resnični vlogi Vatikana med drugo svetovno vojno lahko najdemo v knjigi Jezuiti – skrivna vojska papeštva avtorja Edmonda Parisa, kjer je tudi izjava papeža Pija XII.: "Hitlerjeva vojna je plemenito dejanje za obrambo evropske kulture!"
Številni katoliški avtorji niso mogli skriti svojega čudenja – pa tudi žalosti – ko so opisovali človeško brezbrižnost Pija XII. ob neverjetnih zločinih tistih, ki jim je bil naklonjen – s tem se misli na prokatoliške totalitarne režime v Francovi Španiji, Mussolinijevi Italiji, Hitlerjevi Nemčiji, ustaško-Paveličevi Hrvaški, ipd.. V knjigi Il silenzio di Pio XII, ki jo je leta 1965 objavila založba Sugar iz Milana, je avtor Carlo Falconi zapisal: "Molk ob takšnih zločinih ne pomeni drugega, kot odkrito sodelovanje, saj le še podžiga podlost storilcev ter podpihuje njihovo okrutnost in aroganco. Toda če se je slehernik moralno dolžan upreti takšnim zločinom, to še posebej velja za verska združenja in njihove voditelje, še zlasti pa za voditelja rimskokatoliške cerkve. Pij XII. ni nikoli neposredno in izrecno obsodil vojnega nasilja, še manj pa nezaslišanih zločinov, ki so jih Nemci in njihovi zavezniki zagrešili med vojno ... Pij XII. ni molčal zato, ker ne bi vedel kaj se dogaja; od vsega začetka je poznal razmere, morda celo bolje od kateregakoli drugega državnika ..." Pa ne le to! Vatikan je neposredno pomagal pri izvajanju zločinov, ko je nekatere svoje prelate prelevil v nacistične agente, na primer monsinjorja Hlinko in Tisa. Na Hrvaško je poslal svojega osebnega odposlanca Marconeja, ki je ob pomoči monsinjorja Stepinca bdel nad početjem Anteja Pavelića in njegovih ustašev. Kamorkoli se ozremo, povsod naletimo na podobne zgodbe. V porazu, ki ga je Hitlerjeva vojska, ta "plemenita obramba evropske kulture" doživela v Rusiji, so sodelovali tudi jezuitski misijonarji.
Partnerski odnos med Vatikanom in Hitlerjem se je uradno začel 20. julija 1933 s podpisom konkordata med Svetim sedežem in nemškim rajhom, ko so nemški škofje uradno zaprisegli zvestobo Hitlerju. 16. člen zaprisege pravi: 'Preden prevzamejo svoje škofije, bodo škofje zaprisegli pred predsednikom rajha ali pred pooblaščenim reichsstatthalterjem z naslednjimi besedami: Pred Bogom in ob Svetem pismu prisegam in se zavezujem, da bom kot škof ostal zvest nemškemu rajhu in državi. Prisegam in obljubljam, da bom spoštoval vlado, ki bo ustanovljena po določilih ustave in da bom k temu pripravil tudi svoje duhovnike. Kot je moja dolžnost, bom delal v dobro nemške države in njenih interesov; v opravljanju poslanstva, ki mi je zaupano, bom poskušal preprečiti vse, kar bi bilo temu škodljivo.'
Pravico cerkve do uničevanja vsega, kar ji stopi na pot, so začeli praktično uresničevati v Auschwitzu, Dachauu, Belsenu, Buchenwaldu in drugih taboriščih smrti. Odveč je poudarjati, da si je Vatikan ob teh strahotah umil roke. Švicarski novinar dr. Nerin F.Gun, ki je bil sam deportiran v koncentracijsko taborišče, se je ves čas čudil, kako da papež ne posreduje. Po osvoboditvi ga je sprejel Pij XII. in mu brez sramu odgovoril: "Vedeli smo, da v Nemčiji iz političnih razlogov ljudi nasilno preganjajo, vendar pa nismo bili nikoli obveščeni o nečloveškem načinu nacističnega zatiranja." To je izjavil prav v času, ko je oče Mistiaen na radiu Vatikan potrdil, da so med vojno "dobili ogromno dokumentiranih dokazov o okrutnosti nacističnega preganjanja". Kajpada, Sveti oče verjetno tudi o dogajanju v hrvaških ustaških koncentracijskih taboriščih (npr. Jasenovac) ni bil obveščen – čeprav je imel v Zagrebu ves čas svojega osebnega odposlanca!
